El clima en las Termas del Arapey, como en toda la zona norte del país, es templado con cuatro estaciones bien demarcadas. Al estar lejos del mar, en Salto las temperaturas extremas son de mayor intensidad que en el sur: los veranos son sumamente cálidos y los inviernos fríos. La temperatura promedio anual es de 20ºC, sensación térmica que se disfruta en los meses de otoño y primavera, los más recomendados para disfrutar las aguas termales del Arapey.
Las temperaturas de verano ascienden los 35ºC, con altísimas sensaciones térmicas en las horas de sol. Al contrario, en invierno se registran temperaturas bajo cero, con heladas durante la noche. El promedio de precipitaciones es de 1100 mm anuales, distribuidos a lo largo del año. Febrero y marzo son los meses más lluviosos.